پروفسور محمد قلي شمس فرزند دكتر يحيي شمس ملقب به لسان الحكماء، در 5 ربيع الاول سال 1323 هـ.ق برابر با 1283 هـ.ش در شهر تهران چشم به جهان گشود و در دامان خانواده‌اي اصيل و تحصيل كرده از تبار بزرگان ايران پرورش يافت.
پرفسور شمس از دوران کودکي به حرفه پزشکي عشق مي‌ورزيد و صبح هاي جمعه پدر را هنگام ملاقات بيماران همراهي مي‌کرد. وي پس از اتمام تحصيلات ابتدايي و متوسطه در مدرسه سن‌لولين تهران تحصيلات پزشکي رادر مدرسه دارالفنون آغاز کرد. سپس در سال 1923 ميلادي عازم کشور فرانسه شد و دردانشکده پزشکي نظام شهر ليون پذيرفته شد و ضمن ادامه تحصيل در رشته پزشکي به درجه افسري نيز نايل شد.
در سال 1927 م دوره اول اگرگاسيون (aggregation) را آغاز نمود و در سال 1929 م موفق به گذراندن دورة دوم كنكور اگرگاسيون گرديد. سپس در بيمارستان وال دوگراس پاريس كه يك بيمارستان آموزشي بود مشغول به كار شد و پس از گذشت يك سال به تدريس پرداخت. در سال 1931 ميلادي از طرف مرحوم اعتمادالدوله قره‌گزلو وزيرمعارف وقت براي معالجه بيماران به ايران دعوت شد.
نخستين اقدام پروفسور شمس در ايران، دستور برپايي بخش چشم پزشكي ارتش در خيابان حافظ نزديك چهارراه عزيزخان و سپس راه اندازي بخش چشم پزشكي مدارس در قسمتي از ساختمان مدرسه دارالفنون بود.
او جهت مبارزه با بيماري تراخم درجنوب ايران در انجمن چشم پزشکي جهان تقاضاي تعدادي پزشک کرد و به اين ترتيب وي به همراه پزشکان اتريشي و ايراني به درمان بيماران پرداخت. با تلاش اين تيم پزشکي بيماري تراخم در مناطق جنوبي ايران تقريبا ريشه کن شد. 
با راه اندازي بيمارستان فارابي، انجام عمل جراحي چشم براي آموزش دانشجويان به اين بيمارستان منتقل شد.
بيمارستان فارابي شامل 2 درمانگاه، 1 اطاق عمل و 25 عدد تخت بود. این بيمارستان در طول خدمت پرفسور از لحاظ چشم پزشکي در سطح بالايي قرار داشت و به دفعات مورد بازديد اساتيد و چشم پزشکان برجسته جهاني قرار گرفت.
پروفسور شمس و همكارانش در سال 1326 هـ. ش افتخار يافتند انجمن چشم پزشكي ايران را به طور رسمي دائر كنند. در سال 1333 هـ.ش انجمن چشم پزشكي ايران رسماً به عضويت انجمن بين المللي چشم پزشكي در آمد.
در سال 1347 هـ. ش مجله انجمن چشم پزشكي ايران به مديريت و صاحب امتيازي پروفسور شمس براي اولين بار در ايران تأسيس شد. اين نشريه هر سه ماه يكبار انتشار مي‌يافت. پس از انقلاب اسلامي نيز مجله چشم پزشكي ايران با مسووليت ايشان منتشر مي‌شد.
اولين عمل پيوند قرنيه ايران در سال 1313 توسط او در بيمارستان فارابي انجام شد. درآن زمان مرحوم پروفسور شمس هنوز رياست اين بيمارستان را به عهده نداشت و مثل بسياري از پيشگامان عرصه علم از جرات و شهامت بسياري برخوردار بوده و تمام تلاش خود راانجام داد تا بتواند اولين عمل پيوند قرنيه را در کشور به ثبت برساند.
همچنين پيوند صلبيه و پيوند توأم صلبيه و قرنيه، درمان تراخم چشم با روش دياترموكواگولاسيون، درمان فشار شريان شبكيه با روش افتالمودينامومتري از ديگر افتخارات ايشان است.
اين دانشمند و محقق بزرگ ايراني در طول حيات پربار خود تعداد بسياري متخصص چشم پزشكي را كه بعدها در هيات علمي دانشكده پزشكي و يا در موسسات مختلف چشم پزشكي مشغول به كار شدند آموزش داده و در عين حال از مطالعات علمي خويش نيز غافل نبود.
پروفسور هرمزشمس، پسر پروفسور محمد شمس، پشتکار، جديت و نظم را اصلي ترين علل ترقي پدر خود مي‌داند ومي‌گويد پرفسور هميشه درمان بيماران، آموزش به دانشجويان و اعتلاي علم چشم پزشکي را مقدم به زندگي و حتي خانواده خود مي‌دانست. او هيچگاه نااميد نمي‌شد و تارسيدن به موفقيت دست از تلاش برنمي‌داشت.
اسطوره تاريخ چشم پزشکي ايران در آخرين سخنراني خود در سيماي جمهوري اسلامي ايران گفت: زماني که به وطن بازگشتم فقط چند چشم پزشک در ايران بود اما حالا که نگاه مي کنم و صدها چشم پزشک جوان و علاقمند که اکثرا شاگردانم بوده اند را در اين زمينه به فعاليت علمي و درماني مشغول مي‌بينم، احساس مي‌کنم بهترين عمر و زندگي را داشته ام.
سرانجام پروفسور محمد قلي شمس پس از 65 سال تحقيق پژوهشي و خدمت به مردم در بيست و سوم شهريور ماه سال 1375 در سن 92 سالگي با کوله باري از علم و معنويت چشم ازجهان فرو بست.
